Trước đây, Ninh Thủy là một xã thuộc huyện Ninh Hòa, được thành lập vào ngày 30 tháng 9 năm 1981 trên cơ sở tách một phần diện tích và dân số của xã Ninh Diêm.[3]

Ngày 25 tháng 10 năm 2010, Chính phủ ban hành Nghị quyết 41/NQ-CP[1]. Theo đó, chuyển huyện Ninh Hòa thành thị xã Ninh Hòa và thành lập phường Ninh Thủy trên cơ sở toàn bộ 1.616 ha diện tích tự nhiên, 11.630 người của xã Ninh Thủy.